2007-2008: Eerste seizoen tweede klasse
Na de degradatie uit eerste klasse en de financieel précaire situatie, ziet nieuwe trainer Herman Helleputte zich verplicht een groot aantal jeugdspelers naar de A-kern over te hevelen. Mede door het door de licentiecommissie uitgesproken transferverbod, vangt Lierse de competitie aan met een zeer jeugdige selectie. De controlecommissie van de KBVB doet op 20 augustus een uitspraak in de "zaak Ye", waarbij Lierse veroordeeld wordt tot de degradatie van 1 niveau. Hierdoor zou Lierse na het seizoen in derde klasse moeten uitkomen. Lierse gaat onmiddellijk in beroep tegen de uitspraak. Eind oktober bereikt Leo Theyskens een akkoord met de Egyptische groep Wadi Degla over de overname van de club. Maged Samy wordt hierdoor de nieuwe sterke man bij Lierse.
Halverwege de competitie staat Lierse gevaarlijk dicht bij de degradatieplaatsen. Met de komst van Wadi Degla verhoogde de financiële armslag, en worden de achterstallige schulden betaalt waardoor het transferverbod wordt opgeheven. Lierse versterkt zich gevoelig tijdens de transferperiode, waardoor de degradatiezorgen snel verdwijnen. Een rechtstreeks duel tegen Antwerp in de laatste wedstrijd van het seizoen beslist over deelname aan de eindronde. In een zo goed als uitverkocht bosuilstadion houdt Antwerp echter de 3 punten thuis.
Op 17 maart 2008 acht de beroepscommissie van de KBVB bewezen dat dat de contacten tussen de club en Zheyun Ye niet met omkoping te maken hadden maar wel met zakelijke investeringsplannen, zoals bij andere clubs waar Ye eerder passeerde. Lierse wordt over de volledige lijn vrijgesproken.
In de Exqi League eindigt Lierse uiteindelijk op de 7e plaats met 53 punten. KV Kortrijk behaalt 23 punten meer en wordt kampioen. In de Beker van België wordt Lierse in de 5e ronde uitgeschakeld door KFC Vigor Wuitens Hamme.
2008-2009: Lierse ziet STVV kampioen worden, en laat het liggen in de eindronde
In de Exqi League eindigde Lierse op de 2e plaats met 75 punten. STVV behaalde 5 punten meer en werd kampioen. Lierse, Antwerp FC (3e met 58 punten), RS Waasland (3e met 55 punten) en RFC Tournai (4e met 54 punten) speelden barragewedstrijden voor de eindronde. Lierse schakelde in die barragematchen Waasland uit (heenwedstrijd: 1-1, terugwedstrijd: 3-2). Antwerp versloeg Tournai (heen: 0-0, terug: 2-0). In de eindronde eindigde Lierse op de 3e plaats met 6 punten. Eersteklasser Roeselare won de eindronde met 13 punten.
In de Beker van België haalde Lierse de halve finale. Daarin werd het uitgeschakeld door KRC Genk (heen: 2-2, terug: 1-4).
2009-2010: Lierse wordt kampioen en promoveert terug naar 1e
In de Exqi League eindigde Lierse op de 1e plaats met 75 punten. Lierse behaalt hierdoor de promotie en zal vanaf het seizoen 2010-11 aantreden in de eerste klasse.
In de Beker van België haalde Lierse de 1/16 finale. Daarin werd het uitgeschakeld door Standard Luik (2-1 verlies na verlengingen).
